L'histoire reprend pour Ezio en 1499, juste après avoir vu la déesse Minerve, dans les sous-sols du Vatican. Il fuit la ville avec son oncle Mario et la Pomme d'Eden. En janvier 1500, ils rejoignent leur résidence de Monteriggioni, sereins. Ezio s'apprête à prendre du repos et raconte donc ce qu'il a vu à Rome à Mario, sa mère Maria, sa sœur Claudia, Machiavelli et Catherine Sforza, avec qui il passe la nuit. Le lendemain, la ville est prise d'assaut par les forces de Cesare Borgia, qui tue Mario et vole la Pomme. Ezio tente de défendre la ville le temps que les habitants fuient, mais il est blessé. Malgré cela, il part rejoindre Machiavelli à Rome, avant de s'effondrer de son cheval sur la route.