Dans le monde d'espionnage dans lequel se déroule Alpha Protocol, les apparences sont souvent trompeuses... Les joueurs seront dans la peau de Michael Thorton, un agent du gouvernement extrêmement talentueux(bien qu'assez inexpérimenté), entraîné à éliminer toutes les menaces pour la sécurité nationale. Après l'échec monumental d'une mission, Thorton devient le seul à avoir les informations, les capacités et le courage nécessaires pour mettre un terme à ce qui pourrait devenir une catastrophe internationale. Mais pour ce faire, il devra se servir de la même directive gouvernementale que son ennemi a essayé d'utiliser contre lui : le protocole Alpha.