Reprenant le principe des épisodes précédents, Ace Combat : Squadron Leader est le cinquième de la série Ace Combat. Le joueur a l'occasion d'acheter 53 avions, des avions réalistes jusqu'aux avions imaginaires, en passant par des prototypes. Chaque avion possède trois peintures différentes déblocables. Au total 32 missions sont présentes dans le mode campagne. Au fil du jeu, le joueur obtient une promotion et dirige trois équipiers, il doit alors acheter des avions pour ces derniers. Lors de la préparation d'une mission, le joueur choisit l'avion de chacun des équipiers sous ses ordres. Lors d'une mission, il peut leur donner des ordres, tels qu'engager l'ennemi, se déployer (prendre de la distance) ou utiliser des armes spéciales.