Dans Ace Combat 2, le joueur doit effectuer diverses missions aux commandes d'un avion de chasse. Escorte, destruction d'installations au sol, attaque de convois aériens, et même infiltration (rester à basse altitude pour éviter les radars), les missions sont très variées et prennent toutes place dans des niveaux différents, à différents moments de la journée. Le joueur perçoit de l'argent à chaque mission, en fonction de ses performances. Cet argent servira à se procurer de nouveaux avions, plus puissants, et à engager des ailiers parmi un homme et une femme (Slash et Edge). Au cours du jeu, il est parfois proposé un choix entre deux missions différentes, ce qui permet une première rejouabilité. Au niveau du pilotage, le joueur a le choix entre un mode simplifié (l'avion se redresse automatiquement) et un mode "expert", dans lequel l'avion peut faire des tonneaux dans tous les sens. Les avions disposent d'une mitraillette et de missiles. Pour abattre les ennemis, le joueur peut soit s'approcher de sa cible jusqu'à ce qu'un curseur de visée apparaisse pour la mitraillette, soit attendre que le système de missiles ait bloqué sur un objet (on entend un bip continu), missile qui se chargera de trouver son chemin jusqu'à l'ennemi.