Le joueur incarne Amicia de Rune, une adolescente âgée de 15 ans, accompagnée de son petit frère, Hugo, âgé de 5 ans, tous deux livrés à eux-mêmes alors que la guerre et la peste font rage. Bien qu'étant du même sang, les deux enfants se connaissent peu puisque Amicia a été élevée par son père, Robert de Rune, chevalier au service du roi de France, qui lui a appris à chasser, tandis qu'Hugo, atteint d'une mystérieuse maladie du sang, est gardé par sa mère Béatrice de Rune dans sa chambre. Ils vont devoir survivre et ne compter que sur eux-mêmes alors qu'ils sont poursuivis par l'Inquisition dirigée par le seigneur Nicholas qui en a après Hugo qui le tient pour responsable de l'apparition de la peste noire par le biais de sa maladie. Les deux enfants doivent également survivre à l'invasion de rats qui ravagent les terres, dévorant tout être vivant sur leur passage. Armée de sa fronde et de ses quelques connaissances en alchimie, Amicia va devoir tout faire pour protéger son petit frère, et les deux enfants vont petit à petit apprendre à se connaître.